1992年，一个飞碟突然出现在日本上空。不明飞行物留下了三名自称来自23世纪地球联合会的官员。他们要求与日本领导人直接对话，敦促日本尽快消灭哥斯拉，防止未来的亡国命运。专门研究各种神秘事件的寺泽贤一郎（丰原工部）在未来写了《哥斯拉的诞生》一书，揭示了这个可怕怪物诞生的秘密。根据这本书的记录，未来的人们提议在1944年用时光机将Kenichiro、在太平洋战争期间目睹哥斯拉的恐龙专家Makasaki Yoshihiro（佐佐木信彦饰）和国家超级科学研究中心成员Mizuki Weixi（小坂美由美饰）带回拉各斯岛，试图将哥斯拉传播到其他地方。寺泽和他的团队在行动中取得了成功，但在20世纪，另一个怪物——三头金龙王出现了。在各种奇怪的事件背后，一场可怕的危机突然降临